Как указал @BalusC, мой первый ответ, возможно, связан с использованием причала, поскольку он расширяет войну.
Итак, механизм, который будет работать независимо от того, какой сервер вы используете, будет самоанализом:
InputSream is = YouClass.getResourceAsStream( "file.xml" );
Это всегда будет работать, пока файл file.xml находится в той же папке (когда развернута, в войне или нет) с папкой, содержащей файл класса YourClass.class.
Eclipse как специальная папка ресурсов, реализованная в maven, которую вы можете использовать для размещения ресурсов и обеспечения их развертывания вместе с файлами классов при создании ваших проектов.