Я согласен не ставить файлы IDE под контроль версий, это иногда вызывает все виды трудностей, и, как вы упоминали, использование maven делает это ненужным, поскольку любой разработчик может просто импортировать проект из POM и приступить к работе
Если эти файлы не занесены в .gitignore, их легко можно проверить по ошибке
Более того, я не нахожу их перечисление в .gitignore, что делает его специфичным для IDE, вы можете перечислить файлы проекта eclipse, IntelliJ IDEA и Netbeans, все в одном .gitignore, если члены вашей команды используют разные IDE. Со временем вы можете накапливать шаблон .gitignore, который игнорирует файлы проекта из всех IDE, используемых в вашей команде (-ях) для использования при создании нового репозитория
Если вы категорически против включения их в проект .gitignore, вы можете поместить их в пользователи .gitignore, но, на мой взгляд, это немного более либерально, поскольку это зависит от правильной настройки отдельных машин разработки, а также от этого поддерживается, чтобы быть синхронизированным с любыми новыми дополнениями
Редактировать: в настоящее время у меня есть эквивалентный .hgignore, тот же концепт, другой синтаксис, я преобразовал его в git в качестве примера такого файла .gitignore
/target/
/bin/
/build/
/.classpath
/.project
/.settings/
/.checkstyle
/atlassian-ide-plugin.xml
/.idea/
/*.iml
/*.ipr
/*.iws
*.orig
*.swp
*~