Есть способы сделать что-то подобное - например, вы когда-нибудь пытались запустить Reflector на себе?
В конце концов, если у вас есть коммерческое программное обеспечение, люди будут платить за него, чтобы получить поддерживаемую версию, независимо от того, видят ли они исходный код или нет - именно столько проектов с открытым исходным кодом зарабатывают деньги. Обфускация - это, в основном, то, что она говорит - она затрудняет понимание кода, но на самом деле не скрывает его. Стоит ли это того или нет, это то, что вы должны судить в каждом конкретном случае.
Если вы продаете программное обеспечение корпоративным клиентам, я считаю, что это не стоит беспокоиться. Если вы продаете розничным клиентам и действительно хотите скрыть код, то, возможно, .NET не ответ.