Инструменты MD5 обычно работают с двоичным содержимым файла. Но Вы, конечно, можете свободно указывать имя файла и время модификации в содержимом, которое также хэшируется. Э.Г.
(stat -c %Y filename; echo filename; cat filename) | md5sum
Конечно, для проверки хеш-суммы вы должны использовать точно такую же процедуру, иначе ваши хеш-суммы будут отличаться (например, при использовании разных форматов даты).