У меня была такая же ошибка компоновки с Visual Studio 9 2008. Проблема в том, что оператор >>, объявленный в binary.h, не экспортируется.После внесения следующих изменений в binary.h все работало нормально:
#include "yaml-cpp/dll.h" // add a new include to have YAML_CPP_API defined
...
// add the missing YAML_CPP_API
YAML_CPP_API void operator >> (const Node& node, Binary& binary);