Я знаю, что это старый, но я столкнулся с той же проблемой.Я на Mac / Ubuntu и переключаюсь туда-сюда.Я обнаружил, что отправка простого сигнала прерывания в основной процесс R делает именно то, что вы ищете.Я запускал сценарии, которые продолжались до 24 часов, и прерывание сигнала работает очень хорошо.Вы должны иметь возможность запустить kill в терминале:
$ kill -2 pid
Вы можете найти pid, запустив
$ps aux | grep exec/R
Не уверен насчет Windows, так как меня там нет, но яне могу себе представить, что в командной строке / диспетчере задач нет возможности сделать это также
Надеюсь, это поможет!