Может ли быть, что ваш POM содержит эту строку:
<sourceDirectory>.</sourceDirectory>
Если это так, его изменение может помочь:
<sourceDirectory>src/main/java</sourceDirectory>
Maven не волнует, но сонар делает.
У меня была такая же проблема с сонаром и maven-проектом, сгенерированным eclipse.
(найдено решение на http://www.digipedia.pl/usenet/thread/13899/13064/)