Да, в веб-приложении можно использовать класс java или jar-файл, но это также зависит от того, что вы хотите с ним делать.
Например, если библиотека предназначена для математики и вы хотите вернуть результаты пользователям в веб-приложении, это определенно возможно. Я могу привести много других примеров, но они все одинаковые.
Что касается отображения графиков, я успешно использовал JFreeChart в веб-приложении, использующем Apache Wicket (что, кстати, круто).
Таким образом, чтобы ответить на ваш вопрос, вам не нужно «переносить» библиотеку, вам просто нужно использовать ее и отобразить ее вывод на веб-страницу вместо графического интерфейса рабочего стола Java.
Конечно, это могут быть некоторые библиотеки, специально разработанные для Java GUI, такие как Swing или AWT. Но по большей части нет никакой разницы в использовании библиотеки Java в среде J2EE или J2SE.