ИМХО этого должно быть достаточно:
sed '/^ *<column_[0-9][0-9]\+ *\/> *$/d' file.xml > reduced.xml
Edit:
cat > test.xml << EOF
<column_1 />
<column_2 />
<column_9 />
<column_10 />
<column_1180 />
EOF
sed '/^ *<column_[0-9][0-9][0-9]* *\/> *$/d' test.xml
Выход:
<column_1 />
<column_2 />
<column_9 />
Если в одной строке более одного вхождения:
echo "<column_1 /><column_2 /><column_9 /><column_10 /><column_1080 />" > test2.xml
sed 's/<column_[0-9][0-9][0-9]* *\/>//g' test2.xml
Выход:
<column_1 /><column_2 /><column_9 />