Я знал, что это старый вопрос, только что получил ту же проблему, но вы можете сделать это так:
//Get the mouse position IN canvas
rect = canvas_element.getBoundingClientRect(),
x = e.clientX - rect.left,
y = e.clientY - rect.top
//Get the data of the 1x1 px
imageData = canvas.getImageData(x, y, 1, 1).data;
Функция getImageData()
получает данные по вашей позиции на холсте , , а не по всей странице .