Эта ссылка предлагает другую альтернативу ... использование символа пути при указании входных схем сбрасывает сгенерированное имя файла. Поэтому, если вы воспользуетесь следующим, вы сможете контролировать имя выходного файла.
xsd.exe schema1.xsd schema2.xsd .\schema3.xsd
Вынудит xsd.exe
сгенерировать файл schema3.cs
.
Примечание: Это хак, но до сих пор (VS 2010) это работает.