Развертывание веб-приложений является обязанностью сервера приложений. Я знаю, как это в Glassfish, но в другом приложении. серверы (например, JBoss, Tomcat и т. д.) имеют веб-приложение для управления, которое позволяет это делать.
Если вы хотите программно удалить приложение из самого приложения, вы можете использовать JMX. Обратитесь к реализации JMX из Glassfish, чтобы узнать, какой компонент вызывать. Но имхо я не думаю, что тебе это действительно нужно.