После того, как вы закрыли дескриптор файла, числовой дескриптор не имеет смысла и, как вы показали, обычно просто будет повторно использоваться при следующем открытии. Я предлагаю, чтобы при закрытии файла вы устанавливали любые дескрипторы, которые могут вам понадобиться, чтобы «undef», чтобы не обманывать себя, думая, что они все еще действительны.
Но я, возможно, неправильно понял вашу проблему - вы не предоставили очень много деталей.