R, как сложить и сохранить фактор

Question

R вопрос: Как мне сложить два или более столбцов чисел и , а также сохранить коэффициент

У меня есть data.frame, как это:

patient analyte1value analyte2value analyte3value  
pt1 1 3 5  
pt2 2 6 7  
pt3 9 10 2  
...  

Я знаю, что могу использовать stack(select=c(columnnames)), но я теряю фактор пациента.

Я хочу выйти:

pt1 1 analyte1  
pt1 3 analyte2  
pt1 5 analyte3  
pt2 2 analyte1  
pt2 6 analyte2  
...

(у меня есть подозрение, что мне нужен plyr или что-то в этом роде ...)

спасибо.

Answer 1

Один из вариантов - один из других пакетов Хэдли: reshape2:

> require(reshape2)
> dat
  patient analyte1 analyte2 analyte3
1     pt1        1        3        5
2     pt2        2        6        7
3     pt3        9       10        2
> melt(dat, id = "patient")
  patient variable value
1     pt1 analyte1     1
2     pt2 analyte1     2
3     pt3 analyte1     9
4     pt1 analyte2     3
5     pt2 analyte2     6
6     pt3 analyte2    10
7     pt1 analyte3     5
8     pt2 analyte3     7
9     pt3 analyte3     2
> str(melt(dat, id = "patient"))
'data.frame':   9 obs. of  3 variables:
 $ patient : Factor w/ 3 levels "pt1","pt2","pt3": 1 2 3 1 2 3 1 2 3
 $ variable: Factor w/ 3 levels "analyte1","analyte2",..: 1 1 1 2 2 2 3 3 3
 $ value   : int  1 2 9 3 6 10 5 7 2

Можно сделать это более длинным способом, используя reshape() из базы R:

reshape(dat, direction = "long", sep = "", varying = 2:4,
        times = names(dat)[2:4], idvar = "patient",
        timevar = "variable", v.names = "value")

с основным отличием в том, что variable не является фактором с базой reshape().Я полагаю, что недружелюбие пользователей послужило мотивацией для написания reshape2 ...

Answer 2

Если я правильно понимаю, вы хотите reshape ваш фрейм данных в длинный формат.

reshape(df,varying=list(2:4),times=names(df)[2:4],
  idvar="patient",v.names="value",direction="long")