Там нет "выполнения сценария", как вы себе это представляете.
На самом деле запущены два экземпляра одного и того же скрипта, а не один. Первый задает вопрос, а второй проверяет ответ.
Выполнение PHP-скриптов атомарно. Это не похоже на настольное приложение, постоянно работающее в вашем браузере, и даже не демон с постоянным подключением к вашему настольному приложению. Это больше похоже на утилиту командной строки - делает свою работу и выходит. Он работает дискретно.
Итак, вам нужно выбрать правильную ветвь кода для завершения, а не весь скрипт.