На главной странице вы сохраняете всплывающее окно в W1 и определяете функцию, которая закрывает W1:
W1 = window.open("","","width=100,height=100");
function closeW1() {
W1.close();
}
Теперь на W1 там же, где вы открываете W2:
okBtn.onclick = function() {
W2 = window.open("","","width=100,height=100");
window.opener.closeW1();
}
Вот и все. Вы сделали.