Дайте маршруту имя и измените имя папки, так как имена маршрутов и папок конфликтуют.
routes.MapPageRoute("ministries", "Ministries", "~/Ministry/Ministries.aspx");
, и вы должны перейти к нему следующим образом (из примера кнопки asp: link, используйте что угодно)
NavigateUrl="<%$RouteUrl:RouteName=ministries %>"
Просто жесткое кодирование пути не отправляет его через механизм маршрутизации asp, вы указали его в каталог, он не знает ничего лучше.