Вам нужно поместить две команды для IF
ветвей в паренах:
IF EXIST "%localappdata%\foldername\filename" (COPY /Y "filename" "location") ELSE (COPY "filename" "location2")
Причина этого в том, что оболочка должна быть в состоянии сказать, что если файл существует,команда, которую вы хотите выполнить, это просто:
COPY /Y "filename" "location"
и не все это:
COPY /Y "filename" "location" ELSE COPY "filename" "location2"
Если подумать, все эти ELSE COPY
вещи вполне могут быть допустимыми параметрами для первого COPY
- оболочка не может знать, если вы не поможете.