Неожиданный segfault с __gnu_parallel :: накапливать - PullRequest
Новая
       30

Неожиданный segfault с __gnu_parallel :: накапливать

1 голос
/ 24 апреля 2011

Это действительно сбивает меня с толку, я был бы признателен, если бы кто-нибудь мог мне помочь.

(РЕДАКТИРОВАТЬ: думал, что это была проблема шаблона, я ошибся с этим)

Я хочудобавить несколько копий следующего класса с помощью распараллеленного алгоритма накопления gnu (хранится в #include <parallel/numeric>)

Класс сознательно не делает много, я не думаю, что это проблема столкновения потоков?

template<class T>
class NaturalParameters
{
public:
  typedef typename std::vector<T>::iterator iterator;

  NaturalParameters()
    :    m_data(2) //vector with two zeros
  {  }

  typename std::vector<T>::const_iterator
  begin() const
  {
    return m_data.begin();
  }

  typename std::vector<T>::const_iterator
  end() const
  {
    return m_data.end();
  }

  NaturalParameters<T>& 
  operator+=(const NaturalParameters<T>& other)
  {
    //do something
    return *this;
  }

private:
  std::vector<T> m_data;
};

template<class T>
inline
NaturalParameters<T>
operator+(const NaturalParameters<T>& a, const NaturalParameters<T>& b)
{
  NaturalParameters<T> tmp = a;
  return tmp+=b;
}

Затем я запускаю его 

int
main  (int ac, char **av)
{
  std::vector<NaturalParameters<double> > NP(1000);
  NaturalParameters<double> init;
  //the following segfaults
  NaturalParameters<double> NP2 = __gnu_parallel::accumulate(NP.begin(), NP.end(), init ); 
  //The following runs fine
  //NaturalParameters<double> NP2 = std::accumulate(NP.begin(), NP.end(), init ); 
}

Это действительно смущает меня - я понятия не имею, в чем проблема.Я использую g ++ 4.4.5 и компилирую с g++ gnu_parallel.cpp -g -fopenmp

РЕДАКТИРОВАТЬ:

Обратите внимание, что это работает: (999 элементов вместо 1000) 

 for(size_t i=0;i<1000;++i){

  std::vector<NaturalParameters> ChildrenNP(999);
  NaturalParameters<double> init;
  NaturalParameters<double> NP = __gnu_parallel::accumulate(ChildrenNP.begin(), ChildrenNP.end(), init ); 
  //NaturalParameters<double> NP = std::accumulate(ChildrenNP.begin(), ChildrenNP.end(), init ); 
   }

Обратный след: 

    Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.
__libc_free (mem=0x12af1) at malloc.c:3709
3709    malloc.c: No such file or directory.
    in malloc.c
(gdb) backtrace
#0  __libc_free (mem=0x12af1) at malloc.c:3709
#1  0x00000000004024f8 in __gnu_cxx::new_allocator<double>::deallocate (this=0x614518, __p=0x12af1) at /usr/include/c++/4.4/ext/new_allocator.h:95
#2  0x0000000000401f0a in std::_Vector_base<double, std::allocator<double> >::_M_deallocate (this=0x614518, __p=0x12af1, __n=18446744073709542049) at /usr/include/c++/4.4/bits/stl_vector.h:146
#3  0x00000000004017b9 in std::_Vector_base<double, std::allocator<double> >::~_Vector_base (this=0x614518, __in_chrg=<value optimized out>) at /usr/include/c++/4.4/bits/stl_vector.h:132
#4  0x00000000004013b9 in std::vector<double, std::allocator<double> >::~vector (this=0x614518, __in_chrg=<value optimized out>) at /usr/include/c++/4.4/bits/stl_vector.h:313
#5  0x00000000004012b8 in NaturalParameters<double>::~NaturalParameters (this=0x614518, __in_chrg=<value optimized out>) at gnu_parallel.cpp:10
#6  0x00000000004023e7 in __gnu_parallel::for_each_template_random_access_ed<__gnu_cxx::__normal_iterator<NaturalParameters<double>*, std::vector<NaturalParameters<double>, std::allocator<NaturalParameters<double> > > >, __gnu_parallel::nothing, __gnu_parallel::accumulate_selector<__gnu_cxx::__normal_iterator<NaturalParameters<double>*, std::vector<NaturalParameters<double>, std::allocator<NaturalParameters<double> > > > >, __gnu_parallel::accumulate_binop_reduct<__gnu_parallel::plus<NaturalParameters<double>, NaturalParameters<double> > >, NaturalParameters<double> > (begin=..., end=..., o=..., f=..., r=..., 
    base=..., output=..., bound=-1) at /usr/include/c++/4.4/parallel/par_loop.h:127
#7  0x0000000000401d70 in std::__parallel::accumulate_switch<__gnu_cxx::__normal_iterator<NaturalParameters<double>*, std::vector<NaturalParameters<double>, std::allocator<NaturalParameters<double> > > >, NaturalParameters<double>, __gnu_parallel::plus<NaturalParameters<double>, NaturalParameters<double> > > (begin=..., end=..., init=..., binary_op=..., parallelism_tag=__gnu_parallel::parallel_unbalanced)
    at /usr/include/c++/4.4/parallel/numeric:99
#8  0x0000000000401655 in std::__parallel::accumulate<__gnu_cxx::__normal_iterator<NaturalParameters<double>*, std::vector<NaturalParameters<double>, std::allocator<NaturalParameters<double> > > >, NaturalParameters<double> > (begin=..., end=..., init=...) at /usr/include/c++/4.4/parallel/numeric:139
#9  0x0000000000400e2c in main (ac=1, av=0x7fffffffe188) at gnu_parallel.cpp:59

Ответы [ 2 ]

3 голосов
/ 24 апреля 2011

Это определенно похоже на ошибку в libstdc ++:

/ usr / include / c ++ / 4.4 / parallel / par_loop.h: 87 

#   pragma omp single
      {
        num_threads = omp_get_num_threads();
        thread_results = static_cast<Result*>(
                            ::operator new(num_threads * sizeof(Result)));
        constructed = new bool[num_threads];
      }

Но строка 127 удаляет ее с помощью 

delete[] thread_results;

_ По-видимому, конструкция thread_results была оптимизирована на одном этапе, но оператор удаления никогда не обновлялся, чтобы отразить это .Оптимизация имеет смысл, просто обновляя массив (новый Result [num_threads]), потому что она избегает создания элементов ._

Исправление этого к 

delete thread_results;

устраняет ошибку.Вы можете сообщить об этом разработчикам gnu.

У вас все еще могут быть некоторые проблемы с безопасностью потоков в std :: __ cxx1998 :: vector :: operator = .Вы можете понять, что я имею в виду, используя valgrind.Тем не менее, вполне возможно, что valgrind сообщает о положительном результате.

Я только что проверил наоборот: при использовании new Result[num_threads] с delete[] (вместо оптимизированной версии в источнике GNU) вы 'Я добьюсь чистого Вальгринда.Я почти уверен, что это будет ложное срабатывание, , но я бы обязательно упомянул об этом разработчикам GNU, пока вы сообщаете об ошибке .

1 голос
/ 24 апреля 2011

Ну, это нить.Потоки это сложно.Даже с gomp / параллельными расширениями.Попробуйте helgrind (valgrind --tool=helgrind ./t).Вывод такой большой ... ТАК, не дайте мне вставить его сюда:)

...