Вам необходимо программно создать новый проект из папки источников (убедитесь, что у вас есть какой-то базовый файл .cproject внутри с правильным корнем источника):
IWorkspace workspace = ResourcesPlugin.getWorkspace();
project = workspace.getRoot().getProject("project");
if (!project.exists()) {
IProjectDescription description = workspace.newProjectDescription("project");
CCorePlugin.getDefault().createCDTProject(description, project, null);
} else {
project.refreshLocal(IResource.DEPTH_INFINITE, null);
}
После того, как вы можете использовать AST:
ITranslationUnit translationUnit = (ITranslationUnit) CoreModel.getDefault().create(file);
IASTTranslationUnit ast = translationUnit.getAST();