Точки входа не влияют на то, о чем вы говорите; скорее всего, вы неправильно отслеживаете экземпляры АЭС или у вас есть что-то глобальное, чего не должно быть.
Основные точки входа не зависят от конкретного экземпляра; если вы посмотрите на функции NPP_ *, все те, которые являются специфическими для экземпляра, принимают «NPP» в качестве первого параметра; как правило, вы сохраняете указатель на какую-то структуру данных в поле pdata NPP, и это то, что вы должны использовать, чтобы различать разные экземпляры. Если вы делаете это неправильно, или если где-то еще вы храните глобальную или статическую переменную, которая должна относиться к конкретному экземпляру, все это может вызвать проблему, которую вы описываете.
Вы можете рассмотреть возможность использования FireBreath или Nixysa ; первая абстрагирует большую часть проблем NPAPI и дает вам поддержку IE, а вторая может сгенерировать скелет с API для вас, чтобы вы заполнили другой код и начали с того, что уже работает.
Дополнительную информацию о том, как работает структура АЭС и как вы различаете разные экземпляры, можно найти по адресу http://npapi.com/tutorial2