Вы можете добавить элемент <base>
к ifrm.contentDocument.getElementsByTagName("head")
.
Вам нужно будет создать его в дочернем документе, позвонив по номеру ifrm.contentDocument.createElement("base")
Например:
var bt = ifrm.contentDocument.createElement("base");
bt.setAttribute(...);
ifrm.contentDocument.getElementsByTagName("head")[0].appendChild(bt);