Использование чего-либо кроме utf8
все еще в порядке. Вам просто нужно убедиться, что соединение, которое вы делаете с вашей базой данных, выполнено в том же порядке.
Кроме того, если вы храните символы юникода в полях, не относящихся к юникоду, вы будете сталкиваться с проблемами при определении индексов для них, поскольку справочная таблица для сортировки и индексации данных не будет отражать правильный набор символов.