На вашем скриншоте выглядит, что строки только с комментариями не нумеруются.Не знаю почему.
Возможно, в таких позициях есть другое наложение, и оно имеет более высокий приоритет, таким образом маскируя наложение номера строки.Попробуйте временно отключить блокировку шрифта, чтобы увидеть, влияет ли это на вещи.Затем попробуйте увеличить приоритет наложения номеров строк.Для быстрого теста сделайте следующее:
(defun foo ()
(dolist (ov linum-overlays)
(overlay-put ov 'priority 2000)))
(add-to-list 'post-command-hook 'foo t t)
Если это поможет, вместо этого выполните overlay-put
(но попробуйте с приоритетом мощности, скажем, 200)функция linum-update-window
.IOW, добавьте приоритет, когда наложение будет наложено на текст.