Папки обозревателя решений - это виртуальные папки. То есть они не относятся к папкам на диске. Я думаю, что вы создали папку в VS, а затем щелкнули по ней правой кнопкой мыши, чтобы добавить новый проект. Если да, то, что вы видите, является правильным (предполагаемым) поведением.
Чтобы сделать то, что вы хотите сделать, в форме «Добавить новый проект» нажмите кнопку «Обзор» в нижней части рядом с «Местоположение». Перейдите к папке, в которую вы хотите поместить проект (здесь будет создана другая дочерняя папка). Как только вы это сделаете, проект появится в корне решения в VS. Теперь перетащите его в папку решения, которую вы хотите использовать.
Примечание. Думаю, у вас могут возникнуть проблемы с созданием папки решения с тем же именем, что и папка реального диска. Не уверен.