Просмотр исходного кода в веб-браузере покажет, что именно сервер отправил клиенту. Если вы действительно красиво форматируете свой HTML и он не выглядит точно так же на клиенте, то есть что-то еще посередине, что делает его не таким, как на стороне сервера, например, PHP или ASP. NET, который используется для создания некоторой разметки.
Также возможно, что вы видите это по-другому из-за пробелов. Если в вашей среде разработки вы смешиваете пробелы и вкладки и, к примеру, имеете одну вкладку, равную 4 пробелам, а затем в браузере это может быть одна вкладка, равная 8 пробелам, то все будет неправильно выстроено. Чтобы это исправить, всегда используйте вкладки или пробелы. Большинство приличных IDE автоматически переключаются между вкладками и пробелами (например, Visual Studio).
Некоторые браузерные инструменты, такие как Firebug и Chrome Developer Tools, отображают дерево DOM в том виде, в котором его понимает браузер. Это перевод DOM обратно в HTML и вряд ли будет точно таким же, как то, что сервер отправил контент. Хотя он отлично отформатирован.