Конфигурация AutoMapper является глобальной для всего приложения, поэтому ваш сервис не должен сам выполнять какие-либо настройки. AutoMapper должен быть настроен в вашем загрузчике приложения (при запуске приложения). Например, в службе WCF, размещенной в IIS (через HTTP), вы можете использовать стандартные Global.asax и Application_Start
.