Я предполагал, что если вы используете манифест кэша, а затем обновляете манифест, браузер запросит все файлы снова. Однако я обнаружил, что мне нужно было явно установить заголовки во всех файлах в манифесте, чтобы запретить браузеру кэшировать файлы. Я считаю, что, как только манифест говорит браузеру запросить файл снова, браузер обрабатывает его как любой другой не манифестированный кэшированный файл. Возможно, это ошибка Chrome, но мне кажется, что я видел это в другом браузере WebKit.
Независимо от этого, установите заголовки для файлов в манифесте так, чтобы они никогда не кэшировались, и они должны перезагружаться при обновлении манифеста. Если эти файлы используются за пределами страницы манифеста, вам может потребоваться фактически кэшировать файлы в зависимости от ваших потребностей.