Фактическая проблема заключается в том, что спецификация файлов значков в Info.plist изменилась в iOS 5. Обратите внимание, что в Info.plist указано «Файлы значков (iOS 5)». Если вы укажете цель сборки до 5.0, вы получите упомянутые сообщения об ошибках, потому что указание файлов значков отличается до 5.0! Вы можете либо изменить цель сборки на 5.0, либо добавить спецификации значков для старых версий iOS. (Это действительно то, что произошло, добавив массив CFBundleIconFiles в Info.plist)
Итак, проблема не в Xcode 3.2 по сравнению с Xcode 4.2, а в версии iOS, на которую вы ориентируетесь с помощью своего приложения.