Если вы используете Automator для простого запуска скрипта Python и вам действительно нужно открыть окно оболочки, вот дешевый хак:
Использование простого приложения с действием Run Shell Script:
open -a Terminal /path/to/python/script.py
Но если все, что делает ваше приложение, это вывод на печать, все эти выходные будут видны в Console.app.