Вам нужен только один класс установщика проекта, который будет содержать ваши службы и установщики процессов обеих / всех служб.
Например
MyProjectInstaller
-> MyFirstServiceInstaller
-> MyFirstServiceProcessInstaller
-> MySecondServiceInstaller
-> MySecondServiceProcessInstaller
Однако каждый класс с атрибутом RunInstaller(true)
должен технически выполняться независимо от наличия соседей или нет; для этого, возможно, у кого-то есть более прямой подход к вашей проблеме.