Вы можете использовать команду file с параметром GLOB_RECURSE:
file (GLOB_RECURSE _files "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/*.*")
найдет все файлы в текущем исходном каталоге и его подкаталогах и присвоит его переменной _files.
file (GLOB_RECURSE _files "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/*.cpp")
вернет только файлы с расширением .cpp.