В machine.config (только) есть параметр конфигурации, который называется:
<configuration>
<system.web>
<deployment retail="true"/>
</system.web>
</configuration>
Этот параметр автоматически отключит функции отладки (трассировка, компиляция, ...).
Для ваших прав безопасности предоставьте только доступ в вашем каталоге пользователю пула iis.
Чтобы отключить просмотр в IIS7, добавьте это в ваш web.config:
<system.webServer>
<modules runAllManagedModulesForAllRequests="true" />
<directoryBrowse enabled="false" />
</system.webServer>