Я бы сделал это следующим образом, в MSSQL, но я думаю, что он должен работать с небольшими изменениями в MySQL.Не исполняемый, но должен указывать путь.
CREATE TEMPORARY TABLE #Table (Col1, Col2, Col3);
INSERT INTO #Table (Col1, Col2, Col3) SELECT DISTINCT Col1, Col2, Col3 FROM Table;
DELETE FROM Table;
INSERT INTO Table (Col1, Col2, Col3) SELECT Col1, Col2, Col3 FROM #Table;
DROP TABLE #Table;