Кажется, что истинный Z-порядок невозможен, лучшее, что можно сделать, это отсортировать узлы, последний узел в списке будет отображаться последним.
При загрузке данных необходимо использовать массив, а не json, если вы хотите сохранить порядок.
D3 имеет встроенную функцию сортировки, которая решает эту проблему, я думаю, что arbor может использовать то же самое.