Что касается версии 2, вы, вероятно, можете отредактировать шаблоны для генерации сценариев создания SP, но это будет далеко не тривиальная задача. И, конечно, вам нужно будет добавить функциональность для выполнения сценариев, очистить предыдущие сгенерированные SP и убедиться, что вы не удалили другие. Если честно, я бы посоветовал против этого, так как SubSonic предназначен для генерации кода .Net на основе вашей БД.
С версией 3 SubSonic и всей мощью t4 вы могли бы добавить функциональность намного проще, однако, как только вы получите полную поддержку Linq в версии 3, вам не нужны SP для подкачки страниц, и я не могу увидеть причину для создания SP вместо использования самого Linq.