Большое спасибо за помощь. Я просто переопределил document.write как таковой
document.write = function(){
document.getElementById("MyDiv").innerHTML = arguments[0];
}
function getTreeStruct() {
new Ajax.Request('MainServlet', {
method: 'POST',
parameters: "action=getTreeStruct",
onSuccess: function(transport) {
d = new dTree('d');
d.add(0, -1, 'Root Element');
//contains data queried from database to be inserted into the tree.
var responseArray = transport.responseText.split("|");
//Add each element to the tree object
iterate1DArray(function(x) {
var tempArray = x.split(",");
if(tempArray[1] != undefined
&& !(tempArray[0] == 0 && tempArray[1] ==0)){
d.add(tempArray[0], tempArray[1], tempArray[2]);
}
}, responseArray);
document.write(d);
}
});
}
function iterate1DArray(func, array) {
for( var i = 0; i < array.length; i++){
array[i] = func(array[i]);
}
}
Я не включил код для дерева, но его можно найти здесь . Просто подумал, что я надену это здесь на случай, если у кого-то еще возникнет такая проблема. Еще раз спасибо за вашу помощь!