Это общая методика отладки SQL (особенно при генерации на другом языке, например Python):
Остановите сервер mysql (при условии, что вы запускаете mysqld без регистрации):
sudo invoke-rc.d mysql stop
Запустите mysqld
с включенным ведением журнала:
sudo mysqld --log=/tmp/myquery.log
Запустите ваш скрипт.
Найдите в /tmp/myquery.log команду SQL, которую MySQLdb отправил mysqld.
Это может дать вам достаточно подсказки, чтобы решить проблему, в противном случае, пожалуйста, опубликуйте полную команду SQL на Python
cursor.execute(r"""SELECT... %s.. %s.. %s...""",(val1,val2,val3,))
и соответствующий SQL, как видно из mysqld, в /tmp/myquery.log.
Как только вы закончите отладку, вы можете завершить запись в журнал mysqld и перезапустить его с помощью:
sudo invoke-rc.d mysql restart