Вы можете сделать это через файл конфигурации приложения: AssemblyBinding элемент, точнее - зондирование :
<configuration>
<runtime>
<assemblyBinding xmlns="urn:schemas-microsoft-com:asm.v1">
<probing privatePath="bin;bin2\subbin;bin3"/>
</assemblyBinding>
</runtime>
</configuration>
Это заставит среду выполнения искать сборки в каталогах bin, bin2, bin2\subbin и bin3, которые являются подкаталогами базового каталога приложения.