Плагин цикла использует z-индекс, который, вероятно, является источником вашей проблемы. Из кода подключаемого модуля цикла:
// set position and zIndex on all the slides
$slides.css({position: 'absolute', top:0, left:0}).hide().each(function(i) {
var z;
if (opts.backwards)
z = first ? i <= first ? els.length + (i-first) : first-i : els.length-i;
else
z = first ? i >= first ? els.length - (i-first) : first-i : els.length-i;
$(this).css('z-index', z)
});
Я бы поиграл с z-индексом "волны" и посмотрел, не поможет ли это.
#wave {
width: 970px;
height: 40px;
position: absolute;
left: 0;
bottom: 0;
background: url(../img/wave.png) no-repeat bottom left;
z-index: 99;
}