вы можете вносить любые изменения в application.dll без необходимости перекомпиляции webservice.dll, если вы не вызываете новые классы, функции [добавлено в application.dll].
если вы хотите использовать какие-либо изменения application.dll в webservice.dll, вам придется перекомпилировать webservice.dll
Конечно, если вы измените сигнатуру или уровень доступа любого из методов или свойств в application.dll, которые используются websrvice.dll, это нарушит ваш код в веб-сервисе.