Группировка файлов по их функциональности должна основываться на
1) Имя.
2) Папка, в которой они находятся.
Просто дайте правильное имя для сценариев. Если есть несколько связанных сценариев, сгруппируйте их в папку. Наличие одного сценария на папку не имеет смысла. В итоге вы получите почти столько же папок, сколько и скриптов
Все это в одном хранилище. Как правило, у людей есть несколько проектов в одном репо. Создание нескольких репозиториев, особенно для нескольких файлов, требует много накладных расходов. Если скрипт не "стабилен", используйте ветки. Вот для чего они и объединяют их.
И не волнуйтесь, сколько "наборов изменений" в репо!
PS: Может показаться немного самоуверенным, но нет реального правильного или неправильного ответа на ваш вопрос.