Вы не говорите, хотите ли вы, чтобы глубокие ссылки на существующие страницы были перенаправлены на страницы в этой подпапке. Но я предполагаю, что вы хотите то, что приведет к этому правилу перезаписи:
<rule name="Redirect traffic to (www.)example.com" stopProcessing="true">
<match url="(.*)" />
<conditions>
<add input="{HTTP_HOST}" pattern="^(www\.)?example.com$" />
</conditions>
<action type="Redirect" url="http://www.domain.com/subfolder/{R:0}" appendQueryString="false" />
</rule>
Если вы не хотите перенаправлять глубокие ссылки и перенаправлять все в / подпапку, просто удалите часть / {R: 0} из URL-адреса в теге действия.