Поскольку папка сборки находится в пути к классам, получение ресурсов будет возвращать оттуда элементы.
Я не уверен, какой тип файлов вы говорите, редактируя, но вы не должны редактировать файлы в папке сборки, потому что они будут удалены, если вы выполните чистку.
Я не знаю, используете ли вы функцию автоматической сборки netbeans, в этом случае вы просто сможете отредактировать код, запустить вашу программу и увидеть ваши изменения (при условии, что ваша программа успешно скомпилирована). Затем закройте программу, отредактируйте код и повторите. Я не использую эту функцию, ранние версии не работали, и я не знаю, работает ли текущая или нет. Я выключаю это.
Обратите внимание, что если вы занимаетесь разработкой Java EE, существуют авторазвертывающие, которые могут автоматически повторно развертывать ваш код. Я не знаю, делаете ли вы это или нет, но, как правило, это работает, но вы можете написать код, который заставит его работать неправильно, например. иметь статические переменные в ваших сервлетах или зарегистрировать драйверы базы данных из вашего кода (что должно быть сделано в контейнере).