Другой альтернативой chomp может быть использование регулярных выражений:
my $username = `whoami`
$username =~ s/\n//
Edit:
Предыдущее регулярное выражение удаляет только первую новую строку, найденную в строке, чтобы удалить только последнюю, которую вы можете использовать:
$username =~ s/\n$//;
Чтобы удалить все новые строки в конце и начале, вы используете:
$username =~ s/^\n+//;
$username =~ s/\n+$//;