Я не знаю драйвера Java, но нужно ли создавать там список?Что произойдет, если вы попробуете этот код?
BasicDBObject update = new BasicDBObject().append("$push", new BasicDBObject().append("values", dboVital));
update = update.append("$set", new BasicDBObject().append("endTime", time));
collection.update( new BasicDBObject().append("_id", pageId), update, true, false);
Это должно дать эквивалент
db.collection.update({_id: pageId}, {$push: {values: dboVital}, $set: {endTime: time}});
В то время как ваш код выдает (я подозреваю) это:
db.collection.update({_id: pageId}, [{$push: {values: dboVital}}, {$set: {endTime: time}}]);