Вы должны сделать это в XML (файлы макета)
что-то вроде:
<default>
<reference name="left">
<block type="catalog/product_compare_sidebar" name="catalog.compare.sidebar" template="catalog/product/compare/sidebar.phtml" before="-"/>
</reference>
</default>
Обратите внимание на before = "-" , это переместит его на вершину