Вы должны немного прочитать о разнице между голым хранилищем и хранилищем с рабочей копией. Голые репозитории состоят из каталога .git (который может или не может называться «.git»), который является просто базой данных репозитория без рабочей копии. Такие репо, как правило, используются, когда вы хотите опубликовать свои изменения для других. Я думаю, что официальная рекомендация - отправить только в открытые репозитории.
Если вы отправляете в пустые репозитории, ваши файлы не будут отображаться ни в одной рабочей копии (кроме, конечно, в вашем собственном репо). Однако они будут появляться в репо, но только как объекты базы данных. Поэтому, если вы попытаетесь найти ваши файлы в репозитории, вы найдете только несколько административных файлов и файлов с именами контрольных сумм sha1.