В моем проекте, когда я щелкаю по файлу jar, он извлекает файлы встроенной базы данных почти до самого себя.
Есть ли способ заставить их остаться в файле jar?
Вы можете упаковать базу данных Derby только для чтения в один из файлов jar в вашем classpath и получить к нему доступ, используя другую форму URL-адреса соединения. См .: http://db.apache.org/derby/docs/10.8/devguide/cdevdvlp24155.html и http://db.apache.org/derby/docs/10.8/devguide/cdevdeploy11201.html#cdevdeploy11201
Конечно, это возможно, вы можете поместить свой образ БД в любой путь к классу JAR и получить к нему доступ с помощью:
Class.getResourceAsStream()