Все зависит от того, какой размер приложения вы создаете. Если вы занимаетесь чем-то простым, скажем, «списком семейных покупок», вы можете сохранить настройки в старом добром текстовом файле.
Если вы создаете что-то большее, например, «уведомитель одноклассника», вы можете использовать файл XML или какой-то другой ресурс.
Для любого более крупного приложения вы должны использовать некую реляционную базу данных для хранения пользовательских данных.